O erro de hoje está associado ao Json e webservices.
Detetei que alguns jars do glassfish não têm a classe org.xml.sax.helpers.DefaultHandler então a solução embora demorada a chegar após procurar pela internet foi, ir para um glassfish que funcionava e copiar o jar org.eclipse.persistence.moxy.
Após este processo reiniciei o glassfish.