Em geral depois de fazer uma aplicação java fizemos um jar, com o eclipse ou com netbeans só que em geral desta forma o jar fica muito pesado e demora para carregar a aplicação...
Então a melhor forma de fazer isso é criando uma pasta lib com todas as bibliotecas e a aplicação, em seguida criar um run.bat com todas elas e correr...
Codigo
java -classpath ./lib/aopalliance-repackaged-2.4.0-b09.jar;./lib/asm-debug-all-5.0.2.jar;./lib/barbecue-1.5-beta1.jar;./lib/cglib.jar;./lib/com.lowagie.text-2.1.7.jar; ao.co.app.MainApp
OBS: para os sistemas linux o separador entre os jars é ":" invés de ";"
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